1、 菌株
用gs115表達(dá)不出蛋白，換km71h后，大部分克隆能表達(dá)。
2、溫度：
在28度和室溫下誘導(dǎo)表達(dá)，表達(dá)水平可能都不低。
3、ph
手冊上用6.0，ph提高到6.8，不表達(dá)的蛋白可能就表達(dá)出來。bmmy的ph7.0-7.5比較合適。國內(nèi)外做的的rhsa，zui適ph大概5-6左右。ph3的時候yeast和peptone好像會沉淀的，可以用磷酸和磷酸二氫鉀調(diào)，具體比例自己去試試。
4、偏愛密碼子
codon bias一般不是主要的問題，你要表達(dá)的蛋白特性才是主要問題，酵母對分子量大（30kd以上），結(jié)構(gòu)復(fù)雜（如一些蛋白酶），二硫鍵含量多的蛋白往往不能有效表達(dá)，尤其是分泌表達(dá)。密碼子改造對一些較小的而且結(jié)構(gòu)簡單的蛋白表達(dá)量的提高可能有一些作用。比如一位戰(zhàn)友用pichia酵母表達(dá)一個單鏈抗體，29kd，含有2對二硫鍵，表達(dá)量約幾毫克每升，選用酵母偏好密碼子全基因合成后，表達(dá)量沒有什么提高。
5、表達(dá)時間與空質(zhì)粒轉(zhuǎn)化對照
誘導(dǎo)時間長了以后，是會有很多蛋白分泌出來的，時間越長雜蛋白就越多，且分子量都比較大。做一個空質(zhì)粒轉(zhuǎn)化的對照，這樣就會比較肯定到底是不是自身的蛋白分泌的結(jié)果。
6、污染
每個樣品從g418板上挑10個左右單克隆于2ml bmgy搖菌（30ml玻璃管，比lb管大一點(diǎn)），紗布一般用8層，一天左右看著比較渾離心，留樣1ml，余1ml換2ml bmmy誘導(dǎo)表達(dá)，3,4層紗布足夠了。
污染一般都是跟瓶口覆蓋有關(guān)的原因造成的，只蓋紗布肯定會污染。加蓋報紙后，就再沒遇到過污染。如果只用6層紗布，污染的可能當(dāng)然很大，100ml三角瓶，裝量10ml培養(yǎng)液，用橡筋把8層紗布和2層報紙拴緊封口，空氣浴搖床。
7、不表達(dá)
蛋白有沒有表達(dá)就要看你的運(yùn)氣了，一般重復(fù)2－3次實驗都沒有表達(dá)菌株，這個蛋白就放棄表達(dá)了。
8、表達(dá)量
30kd,10mg/l表達(dá)量已經(jīng)很高，zui直接的方法是發(fā)酵，一般提高5－10倍。大腸桿菌一樣出現(xiàn)大團(tuán)的超表達(dá)蛋白。
9、糖基化
酵母分泌表達(dá)的n糖基化是可以預(yù)測的，有如下序列：n x s/t就是潛在的糖基化位點(diǎn)，x為任意氨基酸，1個糖基化位點(diǎn)會加上1－3kd左右的糖基。另外可能還有o糖基化話，但是無法預(yù)測其位點(diǎn)，不過很少聽說表達(dá)蛋白有o糖基化的。如果胞內(nèi)表達(dá)，不存在糖基化的問題。
10、表型與表達(dá)
重組sali和bglii酶切產(chǎn)生單交換和雙交換，結(jié)果就是產(chǎn)生mut+和muts表型的菌株；前者在甲醇誘導(dǎo)表達(dá)時生長快，消耗的甲醇多，后者生長慢，消耗的甲醇少，所以誘導(dǎo)表達(dá)時muts表型要求更高的菌體濃度。一般用mut+表型的較多，但是對某些蛋白muts菌株可能表達(dá)的更好，只有試試才知道你的蛋白用那種菌株表達(dá)較好。
11、培養(yǎng)基
ypd：zui基本的培養(yǎng)用；bmgy：誘導(dǎo)表達(dá)前培養(yǎng)用；bmmy：誘導(dǎo)表達(dá)用；md：電轉(zhuǎn)化后篩選his＋用。
yepd是不能代替bmgy的，因為有葡萄糖，這樣殘留的葡萄糖會影響下一步的誘導(dǎo)表達(dá)。不過有一種方法是可行的，就是用ypg培養(yǎng)基代替，只是把yepd中的葡萄糖用3%的甘油代替，也可以降低成本。搖瓶畢竟不能和發(fā)酵罐比，甘油殘余會抑制甲醇利用。
bmgy、bmmy滅菌后才能加甲醇、磷酸鉀、*。配制bmmy時也沒必要用5%過濾除菌的甲醇，在滅菌后使用前加甲醇至你要的濃度。
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