工程合同只簽補充協(xié)議是無效的，只要雙方簽訂主合同才能產(chǎn)生法律效力。工程合同訴訟有效期是三年，最長是不得超過二十年的，超過部分年限是不受保護的。
一、工程合同只簽補充協(xié)議嗎
工程合同只簽補充協(xié)議無效。根據(jù)法律規(guī)定，補充協(xié)議是對合同生效后當事人就質(zhì)量、價款或報酬、履行地點等內(nèi)容沒有約定或約定不明確的補充，它不能代替主合同，在主合同不存在的情況下，補充協(xié)議自然無效。
《中華人民共和國民法典》第五百一十條合同生效后，當事人就質(zhì)量、價款或者報酬、履行地點等內(nèi)容沒有約定或者約定不明確的，可以協(xié)議補充；不能達成補充協(xié)議的，按照合同相關(guān)條款或者交易習慣確定。
《中華人民共和國民法典》第七百八十八條建設(shè)工程合同是承包人進行工程建設(shè)，發(fā)包人支付價款的合同。建設(shè)工程合同包括工程勘察、設(shè)計、施工合同。
二、工程合同訴訟有效期是多久
工程合同訴訟有效期是三年，我國法律規(guī)定，向人民法院請求保護民事權(quán)利的訴訟時效期間為三年。法律另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。超出訴訟時效的，將喪失勝訴權(quán)。
根據(jù)《民法典》第一百八十八條的規(guī)定，向人民法院請求保護民事權(quán)利的訴訟時效期間為三年。法律另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。
訴訟時效期間自權(quán)利人知道或者應當知道權(quán)利受到損害以及義務(wù)人之日起計算。法律另有規(guī)定的，依照其規(guī)定。但是，自權(quán)利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據(jù)權(quán)利人的申請決定延長。
三、工程合同中的糾紛處置方式有幾種
1.和解。是指建設(shè)工程糾紛當事人在自愿友好的基礎(chǔ)上，互相溝通、互相諒解，從而解決糾紛的一種方式。
2.調(diào)解。是指建設(shè)工程當事人對法律規(guī)定或者合同約定的權(quán)利、義務(wù)發(fā)生糾紛，第三人通過擺事實、講道理，促使雙方互相作出適當?shù)淖尣?，平息爭端解決建設(shè)工程糾紛的方法。
3.仲裁。是當事人雙方在糾紛發(fā)生前或糾紛發(fā)生后達成協(xié)議，自愿將糾紛交給第三者，由第三者作出裁決的一種解決糾紛的方式。
4.訴訟。是指建設(shè)工程當事人依法請求人民法院行使審判權(quán)，審理雙方之間發(fā)生的糾紛，作出有國家強制保證實現(xiàn)其合法權(quán)益、從而解決糾紛的審判活動。