銀杏種子采收之后，應(yīng)盡快脫去漿汁外種皮。脫皮愈快，銀杏種核的色澤愈好。當前最常用的脫皮方法是將種子堆種腐熟。堆積地點盡量選在背陰之處。堆積時可平堆也可高堆。平堆高度多為30cm，高堆多為60cm，堆上均用濕草覆蓋，不能用塑料薄膜。經(jīng)5-7天即可開堆進行脫皮處理。經(jīng)驗證明，平堆散熱快，脫出的種核潔白漂亮，但腐熟時間較高堆略長。堆積腐熟時切忌暴曬或薄膜覆蓋，以防種核變色種仁變質(zhì)。
銀杏種子脫皮處理時，應(yīng)注意對手腳皮膚的保護。因為在銀杏外種皮中含有白果酸、氫化白果酸、銀杏酸等刺激性物質(zhì)，容易損傷皮膚。如為少量種子可戴上乳膠手套搓洗，較大量的種子則需穿上膠鞋反復(fù)踩搓，或放入竹筐中用木杵搗爛，再裝入竹籃或篩子中在水中漂洗，直至全部外皮漂除干凈為止。脫皮處理后的污水可倒入污水坑中或用于堆肥，嚴禁倒入河湖之中污染水源，更不應(yīng)在飲用河水中漂洗銀杏種皮。
脫去外種皮之后的銀杏種核，先行去雜，即將混入其中的碎枝、爛葉、石塊等揀出。如發(fā)現(xiàn)種核不夠潔白，應(yīng)進行第二次搓洗，或混入細砂反復(fù)磨擦直至核皮光亮潔白為止。也有用漂白粉或硫磺熏蒸以提高核皮潔白度的，但從衛(wèi)生角度要求不宜采用。播種用的銀杏種核尤為不宜。
脫皮處理后的銀杏種核一名商品銀杏，為保證安全貯運應(yīng)適度干燥，干燥的方法多用曬干或陰干，但以陰干的效果最好。待銀杏種核的核皮呈銀白色，含水量達40%左右時即可收起放入袋中干藏。干燥時應(yīng)嚴禁采用烘箱或烘室干燥。
銀杏種核的商品價值，除有些購銷渠道要求品種之外，絕大多數(shù)尚不講求品種。目前銀杏種核的商品價值指標主要是種核大小，其次是整齊度、潔白度、飽滿度、破碎度等。從食用要求出發(fā)，種核越大價格越高。各地收購部門所要求的規(guī)格標準雖不完全全相同，但一級品的標準大體為不高于320-340粒/kg。每增加80粒降低一個等級，等外級為每500粒/kg以上（如表）。
但如從育苗角度出發(fā)，種核過大不僅提高育苗成本且發(fā)芽率和苗木的抗性也不一定就十分良好。因此育苗用的銀杏種核，一般要求每在500-600粒/kg左右。更應(yīng)重視的是種核的整齊度和飽滿度，因為種核的大小如相差很大，苗木有可能出現(xiàn)強烈分化的現(xiàn)象，飽滿度不好則在貯運中容易大量霉爛，用于播種則缺苗斷壟。由于銀杏為雌雄異株，常因雄株不足或人工授粉噴粉不勻等情況，導(dǎo)致出現(xiàn)無胚種核的大量發(fā)生。又由于無胚種核與有胚種核在外表形態(tài)上很難辨識，因此在采購銀杏種核時，特別是用于播種育苗的銀杏種核，應(yīng)先將種核投入水中，凡上浮者多為無胚種核，由此可以查定無胚種核所占的比率。
一、袋裝貯藏
經(jīng)脫皮處理并充分晾干的銀杏種核，可先裝入布袋之中，在常溫條件下置室內(nèi)繼續(xù)陰干，俗稱“發(fā)汗”，時間約為一周。然后裝入塑料袋中，每袋可10kg，最多不得超過20kg，扎緊袋口放置室內(nèi)，每月需將種子全部倒出進行短時間的攤晾，俗稱換氣，然后再裝入袋中。也可將塑料袋上打幾個小孔，以便于種子有微弱的氣體交換而不致形成無氧呼吸。在貯藏過程中，如發(fā)現(xiàn)核殼表面出現(xiàn)霉點，應(yīng)及時將種核倒出用凈水重新沖洗、晾干后再放入袋中。此法貯藏的銀杏種核，翌年5月依然十分新鮮。
二、冰箱貯藏
將銀杏種核袋裝后置入冰箱或冰柜之中。溫度保持1-4℃，保鮮時間可長達1年以上。但此法僅適用于少量種核。
三、冷庫貯藏
將充分晾干的銀杏種核裝入麻袋之中，每袋可25-50kg，單層擺放于木架空格之上。溫度保持4℃左右，冷庫濕度不得大于80%，保鮮時間可達1年以上。貯藏期間應(yīng)每月抽樣檢查，發(fā)現(xiàn)問題要及時處理。需提起注意的是，凡冰箱或冷庫貯藏的種子只供食用。嚴禁用于播種育苗。