鞭毛蟲綱(flagellata) 以鞭毛為運動胞器的原生動物。如眼蟲、夜光蟲、錐蟲、利什曼原蟲等。
多數(shù)種類表膜堅韌，能維持一定體形。以鞭毛運動，鞭毛一到多根，一般自體前端發(fā)出。
營養(yǎng)方式有3種：
①自養(yǎng)性營養(yǎng)(或稱植物性營養(yǎng))，即體內(nèi)有色素體，能行光合作用自己制造養(yǎng)料，如衣滴蟲；
②腐生性營養(yǎng)，體內(nèi)無色素體，借體表滲透作用攝取周圍環(huán)境中呈溶解狀態(tài)的有機物，如錐蟲；
③動物性營養(yǎng)，以胞口等攝取或吞噬外界固體食物，如變形蟲、草履蟲等。另外，如綠眼蟲等，尚有混合性營養(yǎng)方式，即在有光條件下，可行光合作用，自制養(yǎng)料；在無光條件下則進行腐生性營養(yǎng)。無性生殖的一般為縱二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖則為同配或異配生殖。分布極廣，自由生活于淡水、海洋和潮濕的土壤中，少數(shù)營寄生生活，有些是人畜的病原體，如錐蟲、利什曼原蟲、毛滴蟲等。約有2000余種，分2亞綱。
植鞭亞綱(phytomastigina)、通常有色素體，能行光合作用。大都營自由生活，有些種類在水系食物鏈中起著重要作用。如衣滴(chlanydomonas)、盤藻(gonium)等，蛋白質含量豐富(占干物質的36-40%)，成為浮游生物的組成部分，是甲殼類和魚類的自然餌料。其它如夜光蟲(noctiluca)、溝腰鞭蟲(gonyaulax)、裸甲腰鞭蟲(gymnodinium)等大量繁殖時，可引起海水的赤潮現(xiàn)象，能毒死大量魚類和甲殼動物；有的毒素還可儲存在甲殼動物體內(nèi)，人和其他動物誤食后可引起中毒。淡水生長的鐘罩蟲(dinobryon)、合尾滴蟲(synura)等可污染水源，使水質變臭、變腥。但綠眼蟲(englena viridis)等則可被利用作為有機物污染環(huán)境的指示生物。
動鞭亞綱(zoomastigina)體內(nèi)無色素體存在，體表也無堅韌的表膜。自由生活或寄生，而且有不少寄生的種類為害人類和經(jīng)濟動物。
錐蟲(trypanosoma)，屬動體目(kinetoplastina)。約400余種，多數(shù)寄生在脊椎動物的血液或組織液中。如流行于非洲的岡比錐蟲(t.gambiense)，寄生于人的脊髓液中，引起睡眠?。灰潦襄F蟲(t.evansi)，寄生于牛馬的血液中引起蘇拉病，主要流行于南方各??；馬媾疫錐蟲(t.equiperdum)，由馬媾時相互感染，被寄生的馬、驢生殖器官常有水腫或潰爛，除中國西北地區(qū)流行外，亦見于世界各地。 利什曼原蟲(leishmania)，細胞內(nèi)寄生，生活史中有無脊椎動物和脊椎動物2個宿主。寄生人體的有3種，中國僅有杜氏利什曼原蟲(l.donovani)一種，借吸血昆蟲中華白蛉(phlebotomus chinensis)傳播釀致黑熱病。
寄生魚類的鞭毛蟲，常見的有兩種：
①漂游口絲蟲(costia necatrix)：體呈梨形；有鞭毛4條，兩長兩短；寄生于淡水魚的鰓及皮膚，對魚苗、幼魚危害最大。
②鰓隱鞭毛蟲(cryptobia brachialis)；體呈柳葉狀；有鞭毛二條，一條游離，另一條自前向后，以波動膜與體表相連；寄生于鯇等的鰓瓣，妨礙呼吸，致使魚類死亡。