1、兩者依據(jù)不同
竣工決算審計依據(jù)《審計法》和審計署發(fā)《基本建設竣工決算審計工作要求》進行，基建審計內(nèi)容為 （1）竣工決算編制依據(jù)；（2）項目建設及概（預）算執(zhí)行情況；（3）建設成本；（4）交付使用資產(chǎn)；（5）尾工工程；（6）結(jié)余資金；（7）基建收人；（8）投資包干結(jié)余；（9）投資效益評價。
主要根據(jù)國家的審計法和相關(guān)規(guī)定，對建設項目竣工決算進行審計，主要審查概（預）算在執(zhí)行中是否超支，超支原因，有無隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結(jié)余、以及以投資包干結(jié)余名義分基建投資之類的違紀行為等等。
工程造價審計主要是根據(jù)國家有關(guān)法規(guī)和政策，依據(jù)國家建設行政主管部門頒發(fā)的工程定額工料消耗標準、取費標準以及人工、材料、機械臺班價格參數(shù)、設計圖紙和工程實物量，工程造價的確認和控制進行有效的監(jiān)督檢查。在工程項目實施階段，以承包合同為基礎，在竣工驗收后結(jié)合施工變更、工程簽證的情況，作出符合施工實際的竣工造價審查結(jié)果，它是承發(fā)包雙方結(jié)算的依據(jù)，也是工程決算的基礎資料和依據(jù)。
2、兩者標的不同
審計以基建項目為標，包括資金來源、基建計劃、前期工程、征用土地、勘察設計、施工實施的一切財務收支；工程造價審核以單位工種為標的，只對單位工程造價的合理負責。
3、兩者從業(yè)人員不同
審計與工程造價審核是兩個截然不同的專業(yè)學科，審計以會計師、審計師為主；而工程造價審核以工程經(jīng)濟和工程技術(shù)人員為主。目前國家正在實行注冊造價工程師制度，今后的工程造價審核，將以造價工程師為主。
4、兩者法律效力不同
計機關(guān)和被審計單位是一種審計行政法律關(guān)系，審計機關(guān)的審計監(jiān)督只對被審計單位產(chǎn)生法律效力，對其它單位不產(chǎn)生連帶法律約束力。凡對建設單位投資項目進行的審計結(jié)果，對施工單位的造價結(jié)算不具有約束力。
5、兩者的目的不同
審計定義為：由獨立的機構(gòu)和人員檢查被審計單位的會計憑證、會計帳本、會計報表以及其他與財政收支、財務收支有關(guān)資料和資產(chǎn)，監(jiān)督財政收支、財務收支是否真實、合法和有效的行為。審計的目的是加強對公有制投資者資金進行有效的控制，減少投資者濫用職權(quán)截留資金，轉(zhuǎn)移資金于小金庫，造成建設資金流失，實施違法違規(guī)行為。其職能是一種監(jiān)督行為。
工程造價審核是運用科學、技術(shù)原理和經(jīng)濟法律手段，解決工程建設活動中工程造價的確定與控制．從而達到提高投資效益的經(jīng)濟效益目的的行為，是確定造價的實施過程和行為。