由于茬口安排，百合的采收期與播種期時間不一致，需留種的百合采挖后要保存30天～50天，方能播種。為防止百合貯藏過程中受病蟲危害、霉?fàn)€變質(zhì)，因此留種百合貯藏應(yīng)把握以下幾個要點：
一是在處暑前后（8月份）選晴天采收。
二是用來貯藏留種的百合一定要充分成熟，含水量低，無病無蟲，沒有損傷。撿球裝筐時要去掉莖稈，除凈泥土，剪去須根，輕拿輕放，分級裝筐，并及時遮光，運回室內(nèi)，防止在田間日曬，以免外層鱗片變紅和干燥，品質(zhì)變劣，影響發(fā)芽率。
三是選擇母鱗莖肥大、整齊度一致、色澤潔白、抱合緊密、根系健壯、頂平而圓、苞口完好、無病無蟲傷、無異味、無爛片、下根多且粗壯、分囊清楚（每個種球具有三四個子鱗莖）的種球作種，無根種球不宜留作種用。
四是對種球進行藥劑處理。用500倍液的百菌清和1500倍液的三氯殺螨醇乳油浸種20分鐘～30分鐘，待晾干后即可保存。貯藏地點掌握“干燥、通氣、蔭蔽、遮光”的原則。選擇一間空曠房間，用0.3%的甲醛和高錳酸鉀熏蒸1次。切勿將種球放在水泥地面上。
五是采取堆藏法，在地上鋪一層7厘米厚的清潔壤土（手捏成團，手松落地即散）或干細河沙，一般可堆三四層，第一層根朝下，排列整齊，再蓋一層厚約4厘米的土或沙，上面再放一層百合，根系朝上，再蓋一層土或沙，以此類推，蓋土或沙厚度以不露百合為宜，四周用土或沙封嚴(yán)，可貯藏到翌年春天。在百合貯藏過程中，在貯藏室掛置干濕溫度計，控溫控濕，改善通風(fēng)條件。每隔20天～30天檢查1次，不宜過多翻動，如發(fā)現(xiàn)壞死腐爛的百合種球，應(yīng)及時清除。