銀杏樹的修剪方法和其他果樹大致相同，但在具體運用時有所區(qū)別。
冬季對銀杏樹修剪的主要方法有：短截、疏枝、縮剪和刻傷等；夏季修剪的主要措施包括：抹芽、除萌、疏枝、環(huán)剝、倒貼皮及疏花疏果等。冬、夏修剪結(jié)合，增產(chǎn)效果明顯。
短截。主要作用是促生分枝，提高成枝力，改變枝條的延伸方向和角度，促進局部枝條和結(jié)果基枝的長勢。銀杏的壯枝，短截越重，抽生的新枝越壯。一般在壯枝剪口下，可抽生2～3個新枝；弱枝短截后，則發(fā)枝很少或不發(fā)枝。為轉(zhuǎn)換主、側(cè)枝的位置，或改變其延伸方向，可破除短枝頂芽，促生長枝。
疏枝。為培養(yǎng)主枝，加大層間距離，修剪時需適當疏除輪生枝和鄰接枝。大村上的徒長枝，不能利用時，也應及時疏除。樹體長勢減弱，外圍發(fā)育枝細弱密集、影響內(nèi)膛光照時，可疏除部分細弱枝。銀杏樹短枝多，長枝少，內(nèi)膛枝條易密擠，需及時剪除枯萎枝、衰老枝、下垂枝和直立性徒長枝，而對其余枝條，則不宜疏除過多。
縮剪。幼齡銀杏樹需增加枝葉量，所以一般不用縮剪，老樹更新時多用縮剪。縮剪時，除衰老、殘缺的結(jié)果基枝外，對骨干枝也可按從屬關(guān)系回縮。為防止剪口失水干枯，影響剪口芽的萌發(fā)，應在剪口上多留5厘米左右的枝段，為改變先端枝條的延伸方向，加大或縮小枝條的開張角度，改變樹冠內(nèi)的通風透光條件，都可應用縮剪。
刻傷。為促進隱芽萌發(fā)，冬季，在芽的上方刻傷，于春季萌發(fā)成枝；夏季，在芽的下部刻傷，有利于花芽分化，也有平衡樹勢的作用。
在冬季修剪的基礎(chǔ)上，再配合夏季修剪，效果更為明顯。
抹芽。銀杏的潛伏芽生命力強，潛伏時間長，即是千年老樹，也常由基部、主干或主枝上萌發(fā)新枝，需要時，保留培養(yǎng)，不需要時，應在木質(zhì)化前及時抹除，疏除過晚，消耗營養(yǎng)多，傷口大，不利愈合。
除萌的作用，和抹芽相似。
環(huán)剝和倒貼皮，利于成花，也利于坐果。環(huán)剝的時間，以6月下旬至7月下旬為宜。環(huán)剝的寬度，以枝粗的1／10為宜，以當年能夠愈合為好。環(huán)剝過寬，不易愈合，還易遭致病蟲。不要在風、雨天環(huán)剝，也不要在主干上環(huán)剝，剝口也不宜涂石灰硫磺合劑或波爾多液。環(huán)剝1次，2～3年有效，在加強土肥水綜合管理的基礎(chǔ)上，效果更好。
疏花疏果。銀杏短枝多，連續(xù)結(jié)果能力強，只要樹勢正常，年年都會大量開花。但如花量過多，負載過重，樹體營養(yǎng)虧損時，也會出現(xiàn)大小年結(jié)果現(xiàn)象。因此，需要及時疏除多余花、果。但銀杏花期短，雌花花器又小，所以生產(chǎn)中多不疏花，而行疏果，但銀杏樹體高大，疏花疏果難度都很大，所以有的地方試用化學藥劑，進行疏花疏果。