海關(guān)的基本職能包括稅收征管、出入境監(jiān)管、保稅監(jiān)管、進出口統(tǒng)計、海關(guān)稽查、知識產(chǎn)權(quán)海關(guān)保護、打擊走私、口岸管理等，跨境電商涉及的就是進出境貨物的監(jiān)督管理。與海關(guān)一起工作的檢驗檢疫獨立于海關(guān)的部門，由商品檢驗、衛(wèi)生檢疫、動植物檢疫等三個部分組成，檢查人員和貨物是否符合衛(wèi)生標準，與跨境電商有關(guān)的是商檢。
邊檢即邊防檢查，主要是對出入境人員及攜帶物品的檢查;而安檢主要是查違法物品，保障交通安全。既然是監(jiān)督管理，那么就要查驗貨物，商檢是查質(zhì)量衛(wèi)生，具有一票否決性，不合格即無法入境。而海關(guān)查驗是要確定申報的真實性，商品的歸類、價格及產(chǎn)地等信息，落實國家的稅收和貿(mào)易管制措施等情況。
因此海關(guān)查驗相對復雜，在申報環(huán)節(jié)和查驗放行環(huán)節(jié)，只要海關(guān)關(guān)員在進行人工審單時認為報關(guān)單申報內(nèi)容不清楚，或有任何疑問，便可以人工操作下達布控指令，查驗貨物是否單貨相符，貿(mào)易類會出具《海關(guān)查驗通知單》而郵件、快件以及跨境電商等小件，流水線直接操作。
查驗可以分為人工查驗和機檢查驗，可以抽查或徹底查驗。查驗比例及布控的策略，海關(guān)會根據(jù)企業(yè)的通關(guān)歷史記錄、信用等級、商品的風險水平等因素調(diào)整。如今，報關(guān)有點像公司的會計管理，可以自己操作也可委托報關(guān)行代理，2014年“簡政放權(quán)”海關(guān)總署廢止“報關(guān)員”資格核準，只要備案即可?？傊?，進口申報環(huán)節(jié)很重要，無論是哪種通道都務必“按期、如實、規(guī)范”。