生物化學(xué)治理方法主要是借助于微生物的新陳代謝作用，分解向酒廢水中的有機(jī)物質(zhì)或其他雜質(zhì)，白酒廢水中通常含有較高濃度的有機(jī)物質(zhì)，微生物的生物化學(xué)作用具備很好的可再生性，不僅不會(huì)對(duì)白酒廢水造成二次污染，同時(shí)還可以增強(qiáng)廢水的可生化性，生物化學(xué)方法已經(jīng)成為我國(guó)酒業(yè)生產(chǎn)中應(yīng)用較廣泛的廢水處理技術(shù)，一般可以根據(jù)微生物的好氧性和厭氧性對(duì)具體措施進(jìn)行分類。
1厭氧法：有些白酒釀造流程會(huì)產(chǎn)生大量的高濃度有機(jī)廢水，例如：白酒發(fā)酵和蒸餾工藝中產(chǎn)生的鍋底水或發(fā)酵池水中有機(jī)廢物含量較高，如果采用物理處理法僅能除去體積較大的渣滓，凈化后水的純度和生化性都無法滿足循環(huán)利用的標(biāo)準(zhǔn)，利用微生物的厭氧性可以有效改善凈化工藝效果，同時(shí)能夠回收能源。
2好氧法：好氧法處理技術(shù)是利用好氧微生物與廢水接觸過程中，通過微生物的生化作用對(duì)有禮物進(jìn)行降解或吸收，從而有效降低白酒廢水中的有機(jī)雜質(zhì)。這種方法相對(duì)于厭氧法的好處在于微生物的生化過程并不產(chǎn)生臭味氣體，同時(shí)作用時(shí)間較短，廢水處理效率較高。目前應(yīng)用較廣的兩種技術(shù)是生物膜廢水處理法與活性泥廢水處理法。
3好氧法與厭氧法協(xié)同作用：研究表明，如果在白酒廢水治理中單獨(dú)采用厭氧法，凈化后的水質(zhì)仍然無法滿足循環(huán)利用的標(biāo)準(zhǔn)，而單獨(dú)采用好氧法，又需要建設(shè)大規(guī)模的處理流程，經(jīng)濟(jì)性下降。在實(shí)際白酒廢水處理中一般是先采取厭氧法進(jìn)行廢水凈化，然后再運(yùn)用好氧處理，綜合利用好養(yǎng)細(xì)菌與厭氧細(xì)菌的生化作用降解有機(jī)雜質(zhì)。在厭氧處理階段針對(duì)白酒廢水中的有機(jī)物和絮狀物進(jìn)行去除，好氧處理階段對(duì)廢水巾的污泥進(jìn)行有效去除，不僅設(shè)備規(guī)模可以得到降低，同時(shí)可以提升廢水處理后的生化性能，獲得更好的循環(huán)利用效果。研究表明，如果在厭氧階段同時(shí)采用水解酸化處理技術(shù)，不僅可以提升好氧細(xì)菌的生化作用，提升凈化能力，同時(shí)還可以采用更多種類的降解細(xì)菌，充分發(fā)揮微生物的凈化作用。