在糞便無害處理過程中，應科學的規(guī)劃養(yǎng)殖區(qū)。根據(jù)區(qū)域水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展實際，對禁養(yǎng)區(qū)、限養(yǎng)區(qū)和生態(tài)養(yǎng)殖區(qū)進行科學合理的規(guī)劃。養(yǎng)殖區(qū)與市區(qū)、居民區(qū)的距離應盡量控制在相對較長的距離內。我們可以采用區(qū)域集約化養(yǎng)殖的方式進行具體操作，也可以建立幾個小區(qū)集中養(yǎng)殖。這樣，既可以實現(xiàn)養(yǎng)殖區(qū)的統(tǒng)一的效果較好的規(guī)劃，又可以建設相應的污染防治設施，既保持了環(huán)境的良好治理，同時又能對不同區(qū)域的糞便無害化處理起到比較好的作用。
畜禽糞便中含有豐富的肥料。雖然氣味和形態(tài)都不怎么好，但仍然是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的寶貴資源。因此，如果畜禽有機肥施用科學合理，不但能從根源上減少畜禽廢棄物對環(huán)境的污染影響，而且能從根源上推動土壤肥力的較好的增加，增加對農(nóng)作物產(chǎn)量和生長發(fā)育的保障。同時，為了保持農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展，通過不同方式糞便無害處理可以改變土壤結構。如對畜禽糞便進行沼氣處理，既能推動生物有機肥的推廣，又能實現(xiàn)對環(huán)境的較好的保護。
為保持畜禽糞便無害化處理的良好效果，政府和一些相關的部門應履行各自的管理職責，在管理和技術上對養(yǎng)殖場進行具體指導，把畜禽養(yǎng)殖業(yè)污染防治工作落到實處。同時，政府和相關的部門要對養(yǎng)殖戶進行良好的監(jiān)督管理，強化相關的部門的管理質量和水平要求，并與一些新技術較好的結合，保持糞便無害處理的處理效果。