1 兩者依據(jù)不同
竣工決算審計(jì)依據(jù)《審計(jì)法》和審計(jì)署發(fā)《基本建設(shè)竣工決算審計(jì)工作要求》進(jìn)行，基建審計(jì)內(nèi)容為：1.竣工決算編制依據(jù)；2.項(xiàng)目建設(shè)及概（預(yù)）算執(zhí)行情況；3.建設(shè)成本；4.交付使用資產(chǎn)；5.尾工工程；6.結(jié)余資金；7.基建收人；8.投資包干結(jié)余；9.投資效益評(píng)價(jià)。
主要根據(jù)國(guó)家的審計(jì)法和相關(guān)規(guī)定，對(duì)建設(shè)項(xiàng)目竣工決算進(jìn)行審計(jì)，主要審查概（預(yù)）算在執(zhí)行中是否超支，超支原因，有無(wú)隱匿資金；隱瞞或截留基建收人和投資包干結(jié)余、以及以投資包干結(jié)余名義分基建投資之類的違紀(jì)行為等等。
工程造價(jià)審計(jì)主要是根據(jù)國(guó)家有關(guān)法規(guī)和政策，依據(jù)國(guó)家建設(shè)行政主管部門(mén)頒發(fā)的工程定額工料消耗標(biāo)準(zhǔn)、取費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)以及人工、材料、機(jī)械臺(tái)班價(jià)格參數(shù)、設(shè)計(jì)圖紙和工程實(shí)物量，工程造價(jià)的確認(rèn)和控制進(jìn)行有效的監(jiān)督檢查。在工程項(xiàng)目實(shí)施階段，以承包合同為基礎(chǔ)，在竣工驗(yàn)收后結(jié)合施工變更、工程簽證的情況，作出符合施工實(shí)際的竣工造價(jià)審查結(jié)果，它是承發(fā)包雙方結(jié)算的依據(jù)，也是工程決算的基礎(chǔ)資料和依據(jù)。
2兩者標(biāo)的不同
審計(jì)以基建項(xiàng)目為標(biāo)的，包括資金來(lái)源、基建計(jì)劃、前期工程、征用土地、勘察設(shè)計(jì)、施工實(shí)施的一切財(cái)務(wù)收支；工程造價(jià)審核以單位工種為標(biāo)的，只對(duì)單位工程造價(jià)的合理負(fù)責(zé)。
3兩者從業(yè)人員不同
審計(jì)與工程造價(jià)審核是兩個(gè)截然不同的專業(yè)學(xué)科，審計(jì)以會(huì)計(jì)師、審計(jì)師為主；而工程造價(jià)審核以工程經(jīng)濟(jì)和工程技術(shù)人員為主。目前國(guó)家正在實(shí)行注冊(cè)造價(jià)工程師制度，今后的工程造價(jià)審核，將以造價(jià)工程師為主。
4兩者法律效力不同
審計(jì)機(jī)關(guān)和被審計(jì)單位是一種審計(jì)行政法律關(guān)系，審計(jì)機(jī)關(guān)的審計(jì)監(jiān)督只對(duì)被審計(jì)單位產(chǎn)生法律效力，對(duì)其它單位不產(chǎn)生連帶法律約束力。凡對(duì)建設(shè)單位投資項(xiàng)目進(jìn)行的審計(jì)結(jié)果，對(duì)施工單位的造價(jià)結(jié)算不具有約束力。
5 兩者目的不同
審計(jì)定義為：由獨(dú)立的機(jī)構(gòu)和人員檢查被審計(jì)單位的會(huì)計(jì)憑證、會(huì)計(jì)帳本、會(huì)計(jì)報(bào)表以及其他與財(cái)政收支、財(cái)務(wù)收支有關(guān)資料和資產(chǎn)，監(jiān)督財(cái)政收支、財(cái)務(wù)收支是否真實(shí)、合法和有效的行為。審計(jì)的目的是加強(qiáng)對(duì)公有制投資者資金進(jìn)行有效的控制，減少投資者濫用職權(quán)截留資金，轉(zhuǎn)移資金于小金庫(kù)，造成建設(shè)資金流失，實(shí)施違法違規(guī)行為。其職能是一種監(jiān)督行為。
工程造價(jià)審核是運(yùn)用科學(xué)、技術(shù)原理和經(jīng)濟(jì)法律手段，解決工程建設(shè)活動(dòng)中工程造價(jià)的確定與控制．從而達(dá)到提高投資效益的經(jīng)濟(jì)效益目的的行為，是確定造價(jià)的實(shí)施過(guò)程和行為。
綜上所述，根據(jù)項(xiàng)目審計(jì)與工程造價(jià)審核在依據(jù)、標(biāo)的、目的、法律效力、從業(yè)人員等方面是有本質(zhì)區(qū)別。