cleanplex®是一種超可擴展且超靈敏的ngs 擴增子測序技術(shù)。它具有高度先進的專有多重 pcr 引物設計算法、極其均勻的多重 pcr 擴增化學物質(zhì)和創(chuàng)新的背景清潔化學物質(zhì)。它們共同使得 cleanplex 即用型和定制 ngs 面板能夠突破傳統(tǒng)的基于擴增子和基于混合捕獲的目標富集技術(shù)的限制。
功能亮點：
超高的擴增均勻性和超低的pcr背景噪音（更準確的變異調(diào)用或更低的測序成本）
單管 3 小時工作流程，手動操作時間最少（輕松自動化）
兼容困難樣品（降解的ffpe dna、ffpe rna、cfdna、cfrna）和主要測序平臺（illumina、ion torrent、genapsys、mgi dnbseq）
高的靈敏度（低至單細胞水平直接擴增*）
出色的面板大小可擴展性，單個多重 pcr 池中的擴增子數(shù)可達 20,000 多個
檢測和分析單核苷酸變異（snv）、小插入和缺失（indels）、拷貝數(shù)變異（cnv）、基因融合/剪接變異、基因表達水平、腫瘤突變負荷（tmb）、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（msi）、內(nèi)部串聯(lián)復制（itd）等
以下是從 dna 提取到測序數(shù)據(jù)分析的高級靶向測序工作流程（圖 1）。目標富集和文庫制備工作流程（步驟 2）至關重要，通常決定測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。
以下是 cleanplex dna 擴增子測序文庫制備的典型工作流程（圖 2）。 cleanplex dna 工作流程涉及 3 個簡單步驟，每個步驟包括熱循環(huán)或孵育反應，然后使用磁珠進行文庫純化。簡化的方案僅需 3 小時即可完成。在步驟 1 中，在多重 pcr 反應中擴增感興趣的靶標。在步驟 2 中，引物二聚體、非特異性 pcr 產(chǎn)物和復雜的分子碎片在具有創(chuàng)新和專有 cleanplex 背景清潔化學的消化反應中被生化去除。在步驟 3 中，通過 pcr 索引反應為文庫添加樣本索引條形碼。輸入材料可以是基因組 dna 和從 ffpe、新鮮/冷凍組織或血液活檢中提取的 dna。通過在前面添加逆轉(zhuǎn)錄步驟，輸入材料也可以是rna。 （圖3）